Jan Jongepier genoot bekendheid als concertorganist, improvisator en adviseur op het terrein van orgelbouw en -restauratie.Hij was een geboren improvisator. Tegenover Omrop Fryslân vertelde hij: ‘Improviseren is gewoon de allermooiste vorm manier van muziek maken. Als ik voor het klavier ga zitten en ik denk van, nou, wat zal ik eens gaan doen, dan blijft het stil. Maar zodra ik met m’n handen
… op dat klavier ga (...) dan is dat geluid mijn materiaal.’ Anders dan bij veel andere orgeldocenten etaleerde Jongepier in zijn onderricht een breed scala aan interesses. Tijdens excursies kon hij net zo makkelijk vertellen over de Jugendstil gevels in Amsterdam of de barokke krullen in Ottobeuren als over de orgels van Cavaillé-Coll, Maarschalkerweerd en Klais. Jongepiers spel was over het algemeen ietwat bedachtzaam, met een fijnzinnig gevoel voor kleine temporele verschuivingen. Het was vooral in zijn improvisaties dat hij zich van zijn meest exuberante kant liet horen. Lien van der Vliet en Tjeerd van der Ploeg behoorden tot zijn leerlingen. In 2004 kreeg Jan Jongepier de Sweelinckprijs vanwege zijn verdiensten voor de orgelcultuur.plus
